问题分析:巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。一般巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的,月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期,当囊肿发生了扭转或者是破裂,那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成,主要是由于子宫内膜异位到卵巢处,并且由于里面的液体呈咖啡色的,所以又称为巧克力囊肿,这种囊肿一般是双侧的较多。