问题分析:根本上治疗巧克力囊肿,有两种办法。切除双侧卵巢,手术过程中会将巧克力囊肿一并切除,因为卵巢是女性的内分泌器官,切除卵巢,激素水平下降,女性就不会再来月经,手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。使用药物模拟人工闭经,主要是用药物来抑制卵巢功能,达到闭经的状态,从而使得巧克力囊肿,逐渐萎缩并吸收。