问题分析：怀孕三个月肚子疼可能是肠痉挛、先兆流产等因素导致的。妊娠三个多月后，如果肚子疼，首先要检查疼痛感的位置，如果是在肚脐之上的位置，可能是因为胃肠道功能不好导致的肠痉挛引起的。如果腹痛发生在小腹，伴有腰部坠胀、阴道流血等症状，可能是先兆流产，应及时到医院进行B超检查，确定胎盘位置，建议进行保胎处理，并在床上静养。
